Diversidade e estrutura genética da coleção regional de germoplasma de mandioca da EMBRAPA Amazônia Ocidental.

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Primeiro orientador
dc.contributor.advisor1		Clement, Charles Roland
Currículo Lattes do primeiro orientador
dc.contributor.advisor1Lattes		http://lattes.cnpq.br/8773698552648150por
Primeiro membro da banca
dc.contributor.referee1		Rodrigues, Doriane Picanço
Segundo membro da banca
dc.contributor.referee2		Moura, Elisa Ferreira
Autor
dc.creator		Silva, Ana Mara Oliveira da
Data de defesa/publicação
dc.date.issued		2013-07-09
Resumo / Abstract
dc.description.abstract		Manioc (Manihot esculenta Crantz) performs an important social role as a food source in the tropical world. The germplasm maintained manioc forms the basis for technological exploitation of the species in the development of new cultivars. To be efficiently used require different methods of genetic characterization. Markers based on transposable elements are suitable for genetic analyzes because of their qualities of reproducibility and abundant polymorphism. We used 430 manioc accessions that compose the Embrapa germplasm collected in the Amazon basin. The retrotransposons sequences were located in the Phytozome database, IRAP primers designed with Primer3 program, structuring within the germplasm has been detected by STRUCTURE software v. 2.2 and the genetic diversity was assessed using the Popgen software v1.32. IRAP data to the software STRUCTURE suggested the existence of two gene clusters (k = 2) with 93 and other with 127 varieties of total 430 plants, considering only the fidelity above 80%. The AMOVA for K = 2 showed greater variation within the group (89%) than among groups (11%). The six IRAP primer pairs were informative for assessing genetic diversity, with averages of 96% polymorphism, 0.4 heterozygosity and Shannon index 0.57, however, did not detect structuring within cassava germplasm compared to other assisted structuring markers.eng
Resumo (português)
dc.description.resumo		A mandioca (Manihot esculenta Crantz) desempenha importante papel social como fonte de alimentação nas regiões tropicais mundiais. O germoplasma conservado constitui a base para aproveitamento tecnológico da espécie no desenvolvimento de novas cultivares. Para que seja eficientemente utilizado necessita de diferentes métodos de caracterização genética. Os marcadores com base em elementos transponíveis são indicados para análises genéticas devido as suas qualidades de reprodutibilidade e polimorfismo abundante. Foram utilizados 430 acessos de mandioca que compõem o germoplasma da Embrapa, coletados na bacia amazônica. As sequências de retrotransposons foram localizadas no banco de dados do Phytozome, os primers IRAP desenhados com o programa Primer3, a estruturação dentro do germoplasma foi detectada através do software STRUCTURE v 2.2 e a diversidade genética foi avaliada utilizando o software Popgen v1.32. Para os dados de IRAP o software STRUCTURE sugeriu a existência de dois agrupamentos genéticos (K=2) um com 93 e outro com 127 variedades do total de 430 plantas, considerando apenas a fidelidade acima de 80%. A AMOVA para K = 2 revelou mais variação dentro do grupo (89%) que entre os grupos (11%). Os seis pares de primers IRAP foram informativos para avaliar a diversidade genética, com médias de 96% de polimorfismo, 0.4 de heterozigosidade e com índice de Shannon de 0.57, porém, não detectaram estruturação dentro do germoplasma de mandioca comparada com a estruturação assistida por outros marcadores.por
Agência de fomento / Financiador
dc.description.sponsorship		CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológicopor
Formato
dc.format		application/pdf*
Referência (citação)
dc.identifier.citation		SILVA, Ana Mara Oliveira da. Diversidade e estrutura genética da coleção regional de germoplasma de mandioca da embrapa amazônia ocidental. 2014. 48f. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Federal do Amazonas, Manaus, 2014.por
Endereço permanente (URI)
dc.identifier.uri		http://tede.ufam.edu.br/handle/tede/4392
Idioma
dc.language		porpor
Instituição / Editora
dc.publisher		Universidade Federal do Amazonaspor
País
dc.publisher.country		Brasilpor
Faculdade, Instituto ou Departamento
dc.publisher.department		Instituto de Ciências Biológicaspor
Sigla da instituição
dc.publisher.initials		UFAMpor
Programa de Pós-Graduação
dc.publisher.program		Programa de Pós-Graduação em Biotecnologiapor
Tipo de acesso
dc.rights		Acesso Abertopor
Área de conhecimento (CNPq)
dc.subject.cnpq		CIÊNCIAS BIOLÓGICASpor
Termo controlado
dc.subject.other		IRAPpor
Termo controlado
dc.subject.other		Polimorfismopor
Termo controlado
dc.subject.other		Retrotransposonpor
Termo controlado
dc.subject.other		Diversidade Genéticapor
Termo controlado
dc.subject.other		Polymorphismeng
Termo controlado
dc.subject.other		Retrotransposoneng
Termo controlado
dc.subject.other		Genetic Diversityeng
Miniatura (endereço)
dc.thumbnail.url		http://200.129.163.131:8080//retrieve/12183/Disserta%c3%a7%c3%a3o%20-%20Ana%20Mara%20Oliveira%20da%20Silva.pdf.jpg*
Título
dc.title		Diversidade e estrutura genética da coleção regional de germoplasma de mandioca da EMBRAPA Amazônia Ocidental.por
Tipo de documento
dc.type		Dissertaçãopor

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